especies

Actualmente se reconocen 6 género de pingüinos vivientes: Aptenodytes, Pygoscelis, Eudyptula, Spheniscus, Eudyptes y Megadyptes. El número exacto de especies válidas es aun cuestión de debate. Las especies de pingüinos listados en la literatura varían entre 16 y 19 especies. Los dos géneros que producen estas discrepancias son Eudyptula y Eudyptes. Algunas fuentes consideran a Eudyptula albosignata una especie, mientras que otros la consideran una\\\\y a Eudyptula albosignata como morfo de Eudyptula minor.

La monofilia de la familia Spheniscidae ha sido ampliamente sustentada. Respecto a la relación entre géneros, hoy se considera al género Aptenodytes como el más basal de los pingüinos vivientes, seguido de Pygoscelis. Luego se produciría una dicotomía entre los géneros: Spheniscus+Eudyptula y Eudyptes+Megadyptes.

En base al registro fósil, el paleontólogo George Gaylord Simpson postuló la división de los pingüinos extintos en cuatro subfamilias: Palaeeudyptinae, Anthropornithinae, Paraptenodytinae y Palaeospheniscinae, mientras que todos los pingüinos vivientes pertenecerían a una quinta familia: Spheniscinae. No obstante, el mismo Simpson se retractó de esta clasificación posteriormente por considerarla artificiosa. Recientemente algunas de estas subfamilias han sido revitalizadas, aun que los análisis filogenéticos concuerdan actualmente en aplicar el termino Spheniscidae solo para los géneros vivientes de pingüinos, descartando subdivisiones de la familia.